한수원 본사의 경주 조기 이전이 늦춰지고 있는 가운데 한수원이 경주에 건립키로 한 자율형사립고도 무산위기에 놓였다.  이에 따른 경주 시민들의 실망감도 적지 않아 파장이 예상된다. 기획재정부가 한국수력원자력이 경북 경주시내에 자립형사립고를 건립하는 계획에 대해 유보적인 입장을 표명하고 있는 것으로 알려지고 있다. 한수원이 원전비리 등으로 본연의 업무인 원전사업도 쉽지 않은 상황에서 교육서비스 사업을 추가로 하겠다는 것에 대해 곱지 않은 시각이라는 것.  기존 사업의 적자 폭도 큰데다 매년 40억~50억원의 예산이 들어가야 하고 정부의 다른 교육정책도 고려해야 하기 때문에 지켜보자고 한다는 것이다. 학교 설립 승인기관인 경상북도교육청도 “도내 전체 학생수가 줄고 있어 기존 학교들도 운영에 어려움을 겪고 있는데 자사고를 새로 만들어 운영하는 것은 쉽지 않을 것”이라며 관망세를 보이고 있다. 그러나 이는 자사고 설립의 애로점들만 토로하는 것으로 지역에 자사고가 설립될 경우 기대되는 새로운 교육환경의 조성, 학력 제고, 한수원 직원자제 교육문제 해결 등 긍정적인 면과 필요성은 간과되고 있다는 지적이다. 더구나 한수원은 경주고 이모 재단이사장을 새 사외이사로 선임하려고 하는 것으로 알려지는데 경주고 측도 한수원의 자사고 설립에 반대하는 입장이어서 한수원이 자사고를 설립하지 않으려는 명분쌓기에 나서고 있는 것이 아니냐는 의혹이 제기된다. 이에 앞서 노무현 전 대통령은 지난 2007년 경주 방폐장 기공식에서 경주의 방폐장 유치를 치하하고 한수원 본사이전 및 지원사업의 차질 없는 이행과 함께 한수원 측의 직원자제 교육문제 해결을 위한 학교 설립 약속을 밝혀 경주시민들이 환호케 했었다.  반면 포스코는 직원복지 차원에서 포항제철소가 있는 포항에 자사고인 포철고와 마이스터고인 포철공고를 비롯해 어린이집에서부터 유치원, 초중학교, 세계 수준의 포항공과대학교까지 건립 운영, 직원자제 교육문제 해결은 물론 지역 교육여건을 획기적으로 높여 포항시민들로부터 호응과 신뢰를 받고 있다. 한편 한수원 조석 사장 등은 지난 20일 경주시청에서 임시사무실 확보 난항과 조기이전 효과가 거의 없다며 정부가 지난해 결정한 한수원 본사 조기이전 계획을 유보하겠다고 전격 발표했다. 당초 2010년까지의 시한을 2014년까지로 연기했다가 정부가 1년 앞당기도록 했지만 이번에 조기이전 유보와 함께 2015년 사옥이 준공되면 이전하겠다고 밝혀 오히려 시한을 1년 더 연기시켰다. 이에 대해 경주시민들은 "방폐장 경주 유치때 지경부 핵심 간부였던 조석 사장이 한수원 본사의 경주 조기 이전과 자사고 설립 필요성 등에 대해 누구보다 잘 알고 있으면서 이에 반하는 결정을 내리고 자사고 사업추진도 소극적"이라며 실망감과 배신감을 토로하고 있다.